在用凝膠電泳分離材料後，有幾種不同的染色劑可用於可視化和拍攝DNA 。 在許多選擇中，這五種菌株是使用最廣泛的溴化乙錠最常見的開始。 在處理這個過程時，重要的是不僅要了解菌株之間的差異，還要知道固有的健康風險。
01溴化乙錠
溴化乙錠很可能是用於可視化DNA的最著名的染料。 該染料可以用於凝膠混合物， 電泳緩衝液中或在運行後染色凝膠。 染料的分子粘附在DNA鏈上，並在紫外線下發出熒光，從而準確顯示出凝膠中帶的位置。 儘管有其優點，但缺點是溴化乙錠是一種潛在的致癌物質，所以必須小心處理。 由於使用這種凝膠的潛在健康風險，已找到替代品。 02 SYBR黃金
SYBR Gold染料可用於染色雙鍊或單鏈DNA，或染色RNA。 SYBR Gold是溴化乙錠首次進入市場的替代品之一，它被認為比溴化乙錠更敏感。 一旦染料與核酸結合，該染料展現出1000倍的紫外熒光。 然後它可以穿透厚而高百分比的瓊脂糖凝膠，並可用於甲醛凝膠。 由於未結合分子的熒光很低，所以不需要脫色。 許可證持有人Molecular Probes（自推出SYBR Gold以來）開發並銷售了更安全的溴化乙錠替代品SYBR Safe和SYBR Green。
03 SYBR Green
SYBR Green I和II染色劑（再次由Molecular Probes銷售）針對不同目的進行了優化。 因為它們與DNA結合，它們仍然被認為是潛在的誘變劑，因此應該小心處理它們。 SYBR Green I對雙鏈DNA更敏感，而SYBR Green II則最適合與單鏈DNA或RNA一起使用。 像流行的溴化乙錠染色劑一樣，這些高度敏感的污漬在紫外線下發出熒光。 04 SYBR安全
SYBR Safe的設計是為了更安全地替代溴化乙錠和其他SYBR染色劑。 它不被視為有害廢物，通常可以通過常規下水道系統（即下水道）進行處理，因為毒性測試表明沒有急性毒性。 測試還表明，敘利亞倉鼠胚胎（SHE）細胞，人淋巴細胞，小鼠淋巴瘤細胞和AMES測試中幾乎沒有遺傳毒性。 該染色劑可以與藍光透照器一起使用，對可視化的DNA造成較小的損傷，並且為以後的克隆提供更好的效率。 05伊娃格林
Eva Green是一種綠色熒光染料，與其他染料相比，已被發現可抑制PCR的程度較低。 這對於定量實時PCR等應用非常有用。 如果您使用低熔點凝膠回收DNA，這也是一個不錯的選擇。 它在高溫下非常穩定，自身熒光很低，但與DNA結合時熒光很強。 伊娃格林也被證明具有非常低或沒有細胞毒性或致突變性。