然而，迄今為止所有的例子和試驗都涉及體細胞治療 。
也就是說，它們只改變患者細胞的基因，而不是生殖細胞的精子或卵細胞。
種系基因治療關注
基因療法對生殖細胞產生了很多爭議，因為任何變化都可以遺傳（因為後代接受了操縱的DNA）。 例如，這不僅可以糾正導致患者出現氣泡綜合徵的遺傳缺陷，而且還可以在該家族的後代中永久消除缺陷。 這個例子是一種相對罕見的遺傳性疾病，但也有許多其他疾病，例如亨廷頓舞蹈病或杜氏肌營養不良症，這些疾病更常見，理論上可以在患有這些疾病的家庭中消除。
雖然完全在家庭中消除疾病是一項驚人的益處，但擔心的是，如果發生不可預見的事情（例如將白血病引入用基因療法治療免疫缺陷綜合徵的第一組兒童中的一些兒童）遺傳問題傳遞給未來世代的未出生的孩子。
關於將基因療法種系錯誤或副作用傳播給子孫後代的擔憂本身就嚴重到足以阻止生殖系基因治療的任何考慮，但錯誤不是唯一的問題。
遺傳改良現在不是一個問題
另一個問題是，這種操作可能會引入插入基因來提供感知有益特徵的可能性，例如增加智力，身高傾向，甚至特定的眼睛顏色。
然而，使用這種技術進行遺傳增強的道德問題並不是一個直接的實際問題，因為科學沒有足夠牢固地掌握與這些複雜特徵中的大多數有關的遺傳學，使得基因治療方法甚至可以改變它們中的任何一個在這一點上可行。
種系療法與科學方法爭議
在二十世紀九十年代後期，有關生殖細胞基因治療的潛力以及隨之而來的倫理問題進行了大量的討論。 在“自然”和“國家癌症研究所雜誌”上有很多關於這個主題的文章。 美國科學促進會甚至於1997年組織了人類胚系干預論壇，科學界和宗教界代表似乎將重點放在應該或不應該做什麼，而不是當時科學的實際狀況。
但有趣的是，目前關於種系治療的討論還很少。 或許在1999年賓夕法尼亞大學基因治療試驗期間由於嚴重過敏反應而死亡的傑西·基爾辛格的悲劇以及在2000年初發生的與嬰兒接受免疫紊亂治療的未預見到的白血病的發展已經導致一定程度的謙遜，並且對謹慎控制和謹慎的實驗程序產生了更好的認識。
目前的重點似乎更多的是要產生堅實的結果和強大的程序來建立，而不是推動信封前進，以實現新的壯觀的治療。 當然，會出現驚人的結果，但為了產生實用和安全的治療方法，許多嚴謹的，有條不紊的，而且往往是棘手的科學研究是必要的。
未來生殖細胞療法的潛力
然而，隨著該領域的進步，人類基因操作變得更加穩健，可預測和常規，生殖系統治療的問題肯定會重新出現。 許多人已經在允許或不允許的範圍內製定了明確的劃分和指導方針。 例如，天主教會就其認為合適的基因治療類型發布了具體的指導方針。
鑑於我們目前對這一非常複雜的程序有限的理解，現在幾乎沒有足夠的勇氣來考慮生殖系統治療試驗。
雖然俄勒岡州的研究人員正在積極追求一種非常專業化的生殖細胞基因治療方法，它只是改變了線粒體中被劃分為DNA的基因。 但是，即使這項工作也引起了批評。 即使自1990年第一次基因治療試驗以來對基因組學和基因操作的理解得到了更好的了解，理解仍存在很大差距。
最終可能會有令人信服的理由來進行生殖細胞治療。 然而，制定關於未來基因治療應用如何調控的指導方針只能基於猜測。 我們只能真正猜測我們未來的能力和知識。 真實情況到達時，將會有所不同，並可能轉變道德觀和科學觀。