什麼PCR與DNA測序和擴增基因有關
聚合酶鍊式反應( PCR )是一種用於製備多個基因拷貝的分子遺傳技術,也是基因測序過程的一部分。
聚合酶鍊式反應如何工作?
使用DNA樣本製作基因拷貝,該技術足以從樣本中發現的單個基因拷貝中製作多份拷貝。 對基因進行PCR擴增以產生數百萬個拷貝,允許使用基於DNA片段的大小和電荷(+或 - )的視覺技術來檢測和鑑定基因序列。
在受控條件下,DNA的小片段由稱為DNA聚合酶的酶產生,其將免疫脫氧核苷酸(dNTP)添加到被稱為“模板”的DNA片段中。 甚至更小的DNA片段,被稱為“引物”被用作聚合酶的起點。 引物是小的人造DNA片段(寡聚體),通常長度在15到30個核苷酸之間。 它們是通過了解或猜測被擴增基因末端的短DNA序列而製成的。 在PCR期間,被測序的DNA被加熱並且雙鏈分開。 冷卻後,引物與模板結合(稱為退火)並為聚合酶開始創造位置。
PCR技術
通過發現嗜熱菌和嗜熱聚合酶(在高溫加熱後保持結構完整性和功能性的酶),聚合酶鍊式反應(PCR)成為可能。
涉及PCR技術的步驟如下:
- 創建一個混合物,優化濃度的DNA模板,聚合酶,引物和dNTPs。 在不變性酶的情況下加熱混合物的能力允許在94攝氏度範圍內的溫度下使DNA樣品的雙螺旋變性。
- 變性後,將樣品冷卻至約54度的更溫和的範圍,這有利於引物與單鏈DNA模板的退火(結合)。
- 在循環的第三步中,將樣品重新加熱至72度,這是Taq DNA聚合酶理想的延伸溫度。 在延伸期間,DNA聚合酶使用原始DNA單鏈作為模板向每個引物的3'末端添加互補的dNTP,並在感興趣的基因區域產生一段雙鏈DNA。
- 退火至不完全匹配的DNA序列的引物不會在72度退火,因此限制了目標基因的延伸。
變性,退火和延伸的過程重複多次(30-40次),從而指數地增加混合物中所需基因的拷貝數。 儘管如果手動進行該過程將是非常繁瑣的,但是樣品可以在可編程熱循環儀中製備並孵育,現在在大多數分子實驗室中很常見,並且可以在3-4小時內進行完整的PCR反應。
每個變性步驟終止前一個循環的延伸過程,從而截斷DNA的新鏈並將其保持為大約所需基因的大小。
取決於感興趣的基因的大小,延伸週期的持續時間可以變得更長或更短,但是最終,通過重複的PCR循環,大部分模板將僅限於感興趣基因的大小,因為它們將從兩種引物的產物產生。
成功的PCR有幾個不同的因素 ,可以通過操縱來提高結果。 測試PCR產物存在的最廣泛使用的方法是瓊脂糖凝膠電泳 。 用於根據大小和電荷分離DNA片段。 然後使用染料或放射性同位素使片段可視化。
進化
自發現PCR以來,已發現除原始Taq以外的DNA聚合酶。 其中一些具有更好的“校對”能力或在較高溫度下更穩定,因此提高了PCR的特異性並減少了插入不正確dNTP的錯誤。
PCR的一些變體已經被設計用於特定的應用,現在在分子遺傳實驗室中經常使用。 其中一些是實時PCR和逆轉錄酶PCR。 PCR的發現還導致DNA測序, DNA指紋分析和其他分子技術的發展。